Skupština je najviše tijelo MRV u BiH. Čine je visoki vjerski predstavnici Islamske zajednice u BiH, Srpske pravoslavne crkve, Katoličke crkve i Jevrejske zajednice BiH. Predsjedavanje Skupštinom Vijeća je po sistemu rotacije među predstavnicima crkava i vjerskih zajednica, a mandat predsjednika traje godinu dana. Sjednice Skupštine Vijeća se održavaju na godišnjoj osnovi kvartalno. Skupština Vijeća odluke donosi koncenzusom.
Izvršni odbor čine četiri člana koje su imenovali vjerski predstavnici u Skupštini MRV BiH. IO MRV BiH se sastaje svakog mjeseca, te odlučuje o administrativnim i projektnim aktivnostima MRV u BiH.
Sekretarijat čine četiri profesionalno angažovane osobe, koje su imenovane od strane svojih crkava i vjerskih zajednica da obavljaju stručne poslove, te pišu, realizuju i koordiniraju projekte MRV u BiH. Administrativne poslove obavlja uposlenik MRV BiH, na radnom mjestu admistrativnog sekretara.
MRV u BiH je formiralo i mrežu Odbora za međureligijsku saradnju (OMS u BiH). Formirano je 15 odbora, i to u Zenici, Bihaću, Banjaluci, Orašju, Travniku, Bugojnu, Livnu, Goraždu, Trebinju, Brčkom, Bijeljini, Tuzli, Doboju, Foči i Žepču. U svim odborima MRV u BiH rade i djeluju vjerski službenici, a OMS-ovi rade na promociji uvažavanja, rješavaju različite probleme u lokalnim zajednicama u kojima djeluju, te organizuju i podržavaju različite aktivnosti. Ciljevi udruženja polaze od toga da „svaka od naših tradicionalnih crkava i vjerskih zajednica naučava da su dostojanstvo i vrijednost čovjeka dar Božji. Naše vjere i religije, svaka na svoj način, pozivaju na toleranciju, uvažavanje različitosti i poštivanje temeljnih ljudskih prava svake osobe. Naše vjerske i duhovne tradicije
imaju mnogo zajedničkih vrijednosti. Te zajedničke vrijednosti mogu poslužiti kao vjerodostojna osnova za međusobno poštovanje, suradnju i slobodno zajedničko življenje u Bosni i Hercegovini.
